Organ podatkowy wydając decyzję rozstrzyga sprawę lub kończy postępowanie w jednej instancji. Decyzja może być uzależniona stanowiska innego organu, np. przy jego opinii lub zgodzie albo w inny sposób. Decyzją można:
określić zobowiązanie podatkowe,
oszacować zobowiązanie podatkowe( jeśli w postępowaniu organ podatkowy uzna, że podatnik, mimo obowiązku, nie zapłacił w ogóle lub części podatku, nie oddał deklaracji, albo że wielkość zobowiązania różni się od tej z deklaracji ),
zmienić lub znieść postanowienie dające interpretację odnośnie zakresu i sposobu wprowadzenia w życie prawa podatkowego,
decyzję podejmuje się w sprawach o uznanie czy wybór był dobry i użycia metody określania ceny transakcyjnej między podmiotami będącymi w związku oraz przedłużenie okresu jego obowiązywania,
określić prawdziwą wysokość zwrotu podatku lub za dużego podatku naliczonego,
oszacować dochód, gdy w deklaracji zrobiono to nieprawidłowo, albo uznano, że była strata, a osiągnięty dochód nie powoduje, że powstanie zobowiązanie podatkowe,
zwolnić płatnika z powinności zapłacenia podatku.